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Competent cell 만들기

 Competent cell 만들기

  1. 전날 Com cell을 50ml tube에 30ml 정도 키운다. (E.coli랑 똑같이 접종)
  2. LB 500ml에 넣어서 다시 키우기 (1h~1:30h)
  3. Buffer (CaCl2) 만들기

100ml 기준

1M CaCl2 6ml

100mM PIPES 10ml

50% Glycerol 30ml

D. W. 54ml

얼음에 박아 두기

  1. 1시간 키운 competent cell 50ml tube 8~10개로 나누어 담고 Centrifuge (3000rpm/20min)
  2. Supernant 따서 버리고 buffer 로 pellet vortexing (즉 washing 단계) 한 tube당 2~3ml
  3. 50ml tube에 2개로 몰아 담아서 얼음 (10min)
  4. Centrifuge 3000rpm/10min 후 Supernant 따서 버리고 한 tube당 buffer 10ml 넣고 pellet 풀어서 섞은 다음 100λ 씩 EP tube에 나눠 담기
  5. -80도에서 보관

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PyMOL 명령어 정리: 논문·발표용 이미지 스크립트까지 한 번에 지난 PyMOL 설치·마우스 조작 글에 대한 반응이 예상보다 컸습니다. 설치는 끝냈고 화면도 어느 정도 돌려봤는데, 그다음이 막막하다는 분들이 많았습니다. 커맨드 라인에 뭘 쳐야 할지 몰라 결국 캡처 화면만 들고 보고서를 쓰거나, 어디서 복사해온 스크립트를 그대로 붙여 넣었다가 에러 메시지만 보고 포기하는 경우입니다. 이번 글은 그 다음 단계, 즉 실제로 자주 쓰는 명령어와 논문·발표용 이미지를 뽑아내는 스크립트를 정리합니다. 다만 인터넷에 떠도는 PyMOL 스크립트 중에는 예전 버전 문법이거나, 애초에 존재하지 않는 세팅 이름이 섞여 있는 경우가 적지 않습니다. 그래서 이 글에 실린 모든 명령어는 PyMOL 공식 문서와 PyMOL Wiki를 기준으로 하나씩 확인한 뒤 실었습니다. 확인 과정에서 실제로 동작하지 않는 표현 3곳을 발견해 수정했고, 어떤 부분이 왜 틀렸는지는 별도로 짚어두었습니다. 1. 화면 제어 및 구조 불러오기 커맨드 라인은 화면 하단에 있습니다. 아래 명령어들은 세션을 시작할 때 거의 매번 쓰게 되는 기본기입니다. PDB 구조 불러오기 : fetch 1tup — 인터넷에서 해당 PDB ID의 구조를 바로 내려받아 표시합니다. 배경색 변경 : bg_color white — 논문·발표 자료는 흰 배경이 기본입니다. 화면 정렬/초기화 : orient — 구조 전체가 화면에 꽉 차도록 각도와 확대 비율을 자동으로 맞춥니다. zoom 은 현재 각도를 유지한 채 확대 비율만 조정한다는 점에서 차이가 있습니다. 특정 부위로 확대 : zoom resi 150 — 150번 잔기를 중심으로 확대합니다. 도킹 부위나 특정 변이 위치를 자세히 볼 때 유용합니다. 2. 표시 방식과 컬러링 리본형(2차 구조 강조) : show cartoon 막대형(원자·결합 강조) : show sticks 공간 채움형 : show spheres 표면형 : show ...
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